เมื่อญี่ปุ่นเข้ายึดครองพม่าและขับไล่อังกฤษออกไปเมื่อ พ.ศ. 2485 ตะคีนบางส่วนเช่น อองซาน นุ ต้านทู่น ทำงานร่วมกับญี่ปุ่นแต่พรรคคอมมิวนิสต์พม่ายังคงต่อต้านญี่ปุ่นต่อไป ภายหลังเมื่อพวกตะคีนแน่ใจว่าญี่ปุ่นไม่ได้จริงใจกับการให้เอกราชแก่พม่า จึงมารวมตัวกันในนามของสันนิบาตเสรีชนฯ โดยพรรคคอมมิวนิสต์พม่าเข้าสังกัดองค์การนี้ และมีส่วนร่วมในการต่อสู้กับญี่ปุ่นเมื่อ พ.ศ. 2488 ด้วย

เมื่อสงครามโลกสิ้นสุดลง พรรคคอมมิวนิสต์พม่ายังรวมอยู่กับสันนิบาตเสรีชนฯ แต่ก็มีการเคลื่อนไหวเพื่อสร้างฐานมวลชนในทางลับ ความขัดแย้งในหมู่ผู้นำทั้งในสันนิบาตเสรีชนฯ และพรรคคอมมิวนิสต์พม่าทำให้โซ่แยกตัวไปตั้งพรรคคอมมิวนิสต์หรือพรรคธงแดงเมื่อ พ.ศ. 2489 และตั้งตนเป็นศัตรูกับพรรคคอมมิวนิสต์พม่าหรือพรรคธงขาว อีกไม่กี่เดือนต่อมาพรรคคอมมิวนิสต์พม่าก็แยกตัวออกจากสันนิบาตเสรีชนฯ